トップライトに悩み中 さま、石川商店の石川です。
天窓の撤去費用としては、３０万円くらいになることが多いと思います。

ただ見積もり項目に、内装仕上げの部分が無いので、どのように仕上げるのかなどの話がなかったのであれば、納まりは確認すべきかとは思います。

あとは根本的な部分で、天窓の撤去となると屋根の防水を触ることになる屋根工事なので、塗装屋ではなく屋根屋さんが本業ではあります。
もちろんその塗装屋さんが提携の屋根屋さんに依頼するのか、屋根屋さんに塗装してもらったのであれば、問題ないかとは思いますし、保証内での工事のついでということで、業者変更も難しいかもしれませんが念のため。