青ちゃん さま、石川商店の石川です。

記事のとおりカバー工法の目的によりますが、３階建てでのカバー工法自体には、問題はありません。

対地震で言えば、同じ強度で屋根が重くなれば、耐震性は下がるのは間違いはありません。
ただ建築基準の軽い屋根の判定のままで納まる、ガルバなどの金属やシングル屋根材でカバーすれば、そこまで大きな問題ではないとの判断を業界としてはしています。
現実、大手のハウスメーカーも含め、カバー工法は積極的に行われています。